【2025年】長期優良住宅の8つの住宅ローン減税・優遇制度を解説|認定条件や必要書類も

長期優良住宅は、省エネ性や耐久性に優れ、長期的に快適な生活を送れる住宅です。
税制改正などによって、2025年の長期優良住宅は、住宅ローン減税(控除)や補助金などの優遇を受けやすくなっています。
そこで本記事では、長期優良住宅の住宅ローン減税や補助金など、お得な優遇制度をまとめてご紹介します。
住宅ローン控除の申請に必要な書類や認定条件などもご紹介しているため、ぜひ記事を参考にしてくださいね。
長期優良住宅とは

長期優良住宅とは、「長く・快適に・安心して」住める優良な住宅のことです。
省エネ性や耐震性などで、厳しい基準をクリアする必要があるため、建築費用は高くなりがちですが、減税・補助金などの優遇制度を享受しやすいメリットがあります。
認定を受けるための等級や基準
長期優良住宅として認定を受けるためには、下記の項目で基準を満たす必要があります。
| 項目 | 等級や概要 |
| 劣化対策 | 「劣化対策等級3」かつ、構造に応じた基準 |
| 耐震性 | 「耐震等級2または等級3」 |
| 省エネ性 | 「断熱等性能等級5」かつ「一次エネルギー消費量等級6」 |
| 維持管理・更新の容易性 | 「維持管理対策等級3」 |
| 居住環境 | 申請先の所轄行政庁に確認が必要 |
| 住戸面積 | 75㎡以上 |
| 維持保全計画 | 住宅の構造耐力や雨水の侵入を防止する部分などの点検・補修などの計画を策定 |
| 災害配慮 | 申請先の所轄行政庁に確認が必要 |
参照サイト:国土交通省 令和7年 長期優良住宅の認定制度の概要
長期優良住宅の8つの住宅ローン減税・優遇制度

①住宅ローン減税は「最大455万円」
住宅ローン減税は、新築なら13年間、中古なら10年間、所得税や住民税から控除を受けられる大変お得な制度です。
長期優良住宅では、借入限度額は最大5,000万円で、最大控除額は455万円であり、控除額のランクでは一番高い位置にあります。
【2025年入居 住宅ローン控除の内容】
| 住宅の性能 | 子育て世帯・若者夫婦世帯
借入限度額 (最大控除額) |
その他一般世帯の
借入限度額 (最大控除額) |
| 長期優良住宅
低炭素住宅 |
5,000万
(455万) |
4,500万
(409.5万) |
| ZEH住宅 | 4,500万
(409.5万) |
3,500万
(318.5万) |
| 省エネ住宅 | 4,000万
(364万) |
3,000万
(273万) |
| その他の住宅 | 0円 | 0円 |
参照サイト:住宅ローン減税 – 国土交通省
住宅ローン減税は「年末の住宅ローン残高×0.7%」が、その年の控除額になります。
ただし、住宅ローン減税の対象となる借入限度額が、4,500万円のZEH住宅の場合、年末の住宅ローン残高が5,000万円だったとしても、控除できる住宅ローンは4,500万円のみです。
つまり、4,500万円以上の住宅ローンを組む場合、長期優良住宅を購入したほうが、住宅ローン控除をフル活用しやすくなるといえます。
関連記事:【2025年以降】住宅ローン控除はなくなる?改正点や年収ごとの控除額、いくら戻るかについて
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②子育てグリーン住宅支援事業「最大100万円」

子育てグリーン住宅支援事業では、長期優良住宅にすることで「最大100万円」の補助金を受け取れます。
【補助金】
| 住宅の種類 | 補助金 | 古家の除去に伴う加算額 | 対象家族構成 |
| GX志向型住宅 | 160万円万円/1戸 | なし | すべての世帯 |
| 長期優良住宅 | 80万円/戸 | 20万円 | 子育て・若者夫婦世帯 |
| ZEH住宅 | 40万円/1戸 | 20万円 | 子育て・若者夫婦世帯 |
また、長期優良住宅より、更に省エネ性が高い「GX志向型住宅」にすることで、「最大160万円」の補助金を受け取ることが可能です。
注意点として、補助金の予算には上限があるため、上限を超えてしまった場合、申請期間内だったとしても、補助金を受け取ることができません。
補助金制度をフル活用するために、最新の情報を確認するようにしましょう。
参照サイト:子育てグリーン住宅支援事業【公式】
③登録免許税・不動産所得税・固定資産税の軽減措置
長期優良住宅の場合、不動産取得税・登録免許税・固定資産税の軽減措置を適用できます。
不動産所得税は、課税標準からの控除額が、一般住宅は1,200万円ですが、長期優良住宅では、1,300万円になり、控除額が100万円増額します。
登録免許税では、所有権保存登記の軽減措置が、一般住宅は0.15%ですが、長期優良住宅は、0.1%に軽減されます。
固定資産税が1/2になる減額措置は、一般住宅は3年間ですが、長期優良住宅は、5年間となり、減税期間が長くなります。
参照サイト:認定長期優良住宅に関する特例措置 – 国土交通省
④フラット35Sで金利引き下げが適用

住宅ローンの全期間固定金利の代表格であるフラット35において、長期優良住宅は、当初5年間、1.0%の金利引き下げを適用できます。
【フラット35 金利引き下げ】
| 引き下げ期間 | 金利引き下げ幅 | |
| フラット35S(ZEH) | 当初5年間 | 0.75% |
| フラット35S(ZEH)と長期優良住宅の併用 | 当初5年間 | 1.0% |
参照サイト:【フラット35】S(ZEH) | 住宅金融支援機構
⑤自治体の補助金併用「東京ゼロエミ:最大240万円」
国の補助金だけではなく、地方自治体が独自におこなっている補助金制度もあります。
条件によっては、国の補助金と併用できるため、住宅購入にかかる経済的な負担を大幅に軽減できます。
例えば、東京都で実施している「東京ゼロエミ住宅」の補助金は、最大240万円です。
東京都が独自に設定した省エネ性や断熱性の基準をクリアすることで、受け取ることができます。
ご自身の自治体で、利用できる制度はないか、確認してみましょう。
参照サイト:助成制度|東京ゼロエミ住宅|東京都環境局
⑥投資型減税の利用「最大65万円」
住宅ローンを利用せずに、自己資金で住宅を購入した場合、住宅ローン控除の恩恵を受けることができません。
しかし、長期優良住宅やZEH住宅の場合、投資型減税(認定住宅等新築等特別税額控除)を適用できます。
投資型減税は、性能強化費用相当額「上限650万円」の「10%」が所得税から控除される制度であり、「最大65万円」控除できます。
参照サイト:投資型減税(所得税) – 国土交通省
⑦地震保険料の等級別の割引
長期優良住宅では、耐震等級別に地震保険料の割引が適用されます。
【割引率】
- 耐震等級2:30%
- 耐震等級3:50%
⑧住宅取得資金等の非課税贈与「最大1000万円」
住宅を取得するために、父母などから住宅資金の贈与を受けられる方も、いらっしゃるかと思います。
省エネ性が高い長期優良住宅などは、1,000万円まで、その他の住宅の場合、500万円までが、非課税で贈与を受けることが可能です。
参照サイト:国税庁 住宅取得等資金の贈与を受けた場合の非課税
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長期優良住宅の住宅ローン減税申請に必要な書類一覧

住宅ローン減税を適用させるためには、自ら確定申告する必要があるため、おおまかな流れを把握しておくと、安心です。
住宅ローン減税は確定申告が必要
住宅ローン減税の確定申告は、住宅を取得した翌年の「3月中旬まで」に、所轄の税務署にて手続きをおこないます。
確定申告の仕方は、3通りあります。
- 税務署に直接行って申請する
- 郵送する
- 国税庁のサイト内で申請する(e-tax)
国税庁のサイト内の「確定申告書等作成コーナー」の指示に沿って入力するだけで、確定申告書の作成ができます。
長期優良住宅の住宅ローン減税に必要な書類

確定申告に必要な書類や入手先をご紹介します。
| 必要書類 | 入手先 |
| 長期優良住宅建築等計画の認定通知書 | 所轄の行政庁に申請して住宅会社から入手 |
| 住宅家屋証明書または認定長期優良住宅建築証明書 | 登録住宅性能評価機関または建築士から入手 |
| 確定申告書 | 税務署・国税庁のサイト |
| 本人確認書類 | マイナンバーカード・運転免許証などをコピー |
| 登記事項証明書 | 法務局 |
| 売買契約書(新築の購入)
工事請負契約書(注文住宅の建築) |
契約時に入手 |
| 源泉徴収票 | 勤務先 |
| 住宅取得資金に関わる借入金の年末残高証明書 | 住宅ローンを組んだ金融機関 |
| 住宅借入金等特別控除額の計算明細書 | 税務署・国税庁のサイト |
| 住宅省エネルギー性能証明書or建設住宅性能評価書(新築の場合) | 登録住宅性能評価機関や建築士 |
| その他 | 補助金等に関する書類など |
まとめ
長期優良住宅の住宅ローン減税や補助金など、お得な優遇制度をまとめて解説しました。
これらの制度をフル活用することで、高性能な長期優良住宅をお得に購入することができます。
東京の土地を10cmも無駄にせずに、高性能な注文住宅をご希望の方は、23区内での施工実績が豊富なクレバリーホーム東京まで、お気軽にご相談ください。














